身体の一部を機械化し、機能拡張した人間「拡張者（エクステンド）」。彼らと生身の人間が共存する社会で、「拡張者」が引き起こした問題を解決する「処理屋」を、乾十三（いぬいじゅうぞう）は生業としていた。彼自身も、頭部に巨大なリボルバーを持つ「拡張者」だった。ある日、十三は誘拐犯として警備局に追われる全身拡張者の男性から鉄朗という少年の保護を依頼される。鉄朗は街を牛耳る超巨大企業・ベリューレン社のある秘密を握っていた。依頼を完遂するため、十三は鉄朗の行方を追うベリューレン社と敵対することとなる。

＜第２期＞
再び「弾丸（願い）」は込められた――
彼らの前に立ちはだかる過去とは？
乾十三は「拡張者（エクステンド）」と呼ばれる身体機能拡張処理を施した者たちがあふれるこの街で、彼らに関する問題を処理する稼業を生業にしている。
「亡霊」騒ぎの解決後、「乾相談所」は落ち着きを取り戻したかに見えた。だが、突如何者かに襲撃されてしまう。それは、反拡張技術を掲げるテロ組織・スピッツベルゲンだった。彼らに拉致されたクリスの救出に十三が向かうと、ヴィクター・シュタインベルグという男が立ちはだかる。彼こそメアリーが行方を追い続けていた彼女の実兄だった。時を経て、十三、メアリー、ヴィクター、再び3人の因縁が交錯する。ガンスレイブユニットの秘密、ベリューレンの思惑、そして、鉄朗の運命も大きく動き始める！