2013年に放送されたテレビシリーズの続編を２本立てで描く劇場版。
温暖化の影響によって地表が水没した未来を舞台に、謎の”霧の艦隊”と潜水艦”イ401″に乗り込んだ少年少女たちの戦いの物語。
テレビシリーズの再構成部分に、新規映像として東洋方面巡航艦隊の生徒会ことヒエイ率いる部隊との戦いを追加したディレクターズ・カット（DC）版。