21世紀中盤、人類は温暖化の影響により地上での版図を大きく失った。そこへ突然、世界各地へ霧と共に謎の超兵器を搭載した軍艦群が出現。
意思を持ち、“霧の艦隊”と呼ばれるその軍艦群に人類は敗北を喫し、制海権を失って海上に出られなくなった。
17年後、士官候補生の千早群像達は、人類側についた“霧の艦隊”の潜水艦・イ401に乗り込んで、その艦のメンタルモデルであるイオナと共に
“霧の艦隊”と戦う。人類と霧のメンタルモデル、それを隔てるものは何か。サンディエゴに「人類の切り札」を届けた群像たちの次なる目的は？